Początkiem zakażenia jest moment wtargnięcia wirusa do organizmu. Najczęściej odbywa się to za pośrednictwem układu oddechowego, pokarmowego, a w niektórych przypadkach przez skórę. Niektóre wirusy rozpoczynają kolonizację miejsc przez które wtargnęły.
W takich przypadkach okres inkubacji jest bardzo krótki, wynosi zazwyczaj kilka dni. Ten typ zakażeń wirusowych może spowodować ponowne zakażenie. Powstają one na skutek braku wystarczającej ilości przeciwciał, które wywołałyby określoną odpowiedź immunologiczną.
Miejscem docelowym niektórych wirusów są poszczególne organy. Wówczas przemieszczają się, najczęściej wraz z krwią, do określonych miejsc organizmu. W takiej sytuacji okres inkubacji wydłuża się nawet do kilku tygodni. Część narządów docelowych jest charakterystyczna dla konkretnego wirusa.
Niektóre mogą jednak zakażać nawet kilka narządów. Przebycie takiego zakażenia zazwyczaj zapewnia wystarczającą ochronę przed ponownym zachorowaniem. Można wyróżnić kilka rodzajów zakażeń wirusowych. Do jednych z najczęstszych zaliczają się zakażenia objawowe oraz bezobjawowe. U części osób rozróżnia się także zakażenia przetrwałe, latentne bądź poronne.
